Strukturu Novoapostolske Crkve International sačinjava više mjesnih Crkava, koje predvode okružni apostoli. Glavni predvoditelj i vrhovni duhovni autoritet Crkve je Veleapostol. Službu Veleapostola obnaša od blagdana Duhova 2013. godine Jean-Luc Schneider. Položaj Veleapostola možemo usporediti s položajem koji je među prvim apostolima zauzimao apostol Petar.
Najbliži suradnici Veleapostola su okružni apostoli, a njima pomažu apostoli. Okružni apostoli su ujedno i predsjednici pojedinih mjesnih Crkava. Za mjesnu Crkvu Južna Njemačka, koja se organizacijski brine i o Hrvatskoj, nadležan je okružni apostol Michael Ehrich. U obavljanju regionalnih zadaća apostolima pomažu svećenici (biskupi, okružni predstojnici i predstojnici zajednica).
Gotovo 9 milijuna novoapostolskih kršćana koji žive na svih pet kontinenata okupljeni su u oko 65.000 zajednica, a pripadaju svim socijalnim slojevima, podrijetlima i generacijama.
Jedinstvo u službi
Veleapostol i okružni apostoli redovito se sastaju kako bi raspravljali o crkvenim pitanjima od međunarodne važnosti. Svake tri godine održava se međunarodna skupština svih apostola.
Apostoli i biskupi mjesne crkve Južna Njemačka sastaju se nekoliko puta godišnje pod predsjedanjem okružnog apostola.
Zajedništvo u središtu
Središte crkvenog života su pojedine zajednice. Apostoli povjeravaju vodstvo zajednice predstojnicima zajednica i njihovim zamjenicima. Predstojnicima zajednice pomažu ostali svećenici i đakoni.
Zajednica je jedinica članova jednog geografski određenog područja; na čelu je predstojnik zajednice na volonterskoj osnovi. Nekoliko zajednica čini crkveni okrug, na čijem je čelu predstojnik okruga – također na dobrovoljnoj osnovi.
Organizacija u Hrvatskoj
Dušobrižnička i organizacijska skrb za sve zajednice u Hrvatskoj u rukama je okružnog apostola Michaela Ehricha pod oblašću mjesne crkve Južna Njemačka. Osim nje, okružni apostol Michael Ehrich odgovoran je i za druge crkvene okruge u oko 30 zemalja.
Zajednice u Hrvatskoj čine okrug koji je od 2017. povjeren predstojniku okruga, okružnom starješini Stojanu Manevskom, kojega u toj zadaći podržavaju predstojnici zajednica, svećenici i đakoni.